本遺址經調查與研究,除在山上緩坡地表可以發現零星文化遺物及大量破碎的板岩、頁岩塊之外,在遺址下方常可發現大型板岩石板露出或被當地居民做為路邊隔板與小橋板使用。在遺址西側羅家後方,亦見有石板棺殘留於因建築切開的地層斷面上,可以略知遺址的範圍可能包括整個小山海拔15公尺以上的緩坡及山頂部分。 除考古學的調查之外,與鄰近居民的口傳訪問中也可得知,早年丸山頂上及四周緩坡,曾發現相當多磨製或帶穿孔的器物,顯示本遺址曾出土相當豐富的遺物。由於早年山上緩坡曾經種植甘蔗、地瓜、果樹等旱作作物,目前除聖母醫院之療養院與公墓區保存狀況不佳外,近來農民更於西側緩坡地文化遺物相當豐富的地區進行機械式整地,深開挖及翻動土壤,已對部分遺址造成嚴重損害。 1998年2-8月為丸山遺址第四次發掘,進行搶救工作的發掘區域為整個遺址中保存狀況較佳的地區之一,但仍有不少損害,尤其是山坡較高部分即頂部侵蝕嚴重,往往造成二次堆積或文化層受到擾亂。1998年發掘後,仍維持發掘後的狀態,發掘區位有進一步施工,遺址其他區域也大致保存原貌。